Die Entstehung der Stadt- und Hauptkirche lässt sich in zwei Phasen einteilen.
Bei der ersten Phase handelt es sich um den Vorgängerbau der jetzigen Kirche. Dieser war kleiner und reichte von der östlichen Spitze bis zu der Stelle, wo sich seit 1581 die Kanzel befand. Sie hatte sieben Säulen und ein kleines Türmchen mit einer Glocke für die Messe. Adolf Tschirch gibt in seiner „Zeittafel zur Geschichte der Stadt Guben“ die Jahre 1190-1240 als Entstehungszeit der Kirche an. In Urkunden wird die Kirche auch als Pfarrkirche oder Stadtpfarrkirche bezeichnet.
Die zweite Phase begann im Jahre 1519 mit dem Ausbau der Kirche an ihrem westlichen Ende. Erst einmal wurde das Gebäude um acht Pfeiler vergrössert. Im Jahr darauf schuf man das Fundament für den quadratischen Turm. Bis 1523 erfolgte die Überdachung. Im Ganzen entstand so eine dreischiffige gothische Hallenkirche. Dann war 12 Jahre Pause. Erst 1535 setzte man die Arbeiten am Turm fort. Weitere 13 Jahre vergingen bis zur Fertigstellung des Kirchengiebels im Jahre 1548. 1554 fanden schliesslich die Glocken im Turm ihren Platz. Die älteste Gubener Stadtgeschichte von Johann Christian Loocke aus dem Jahr 1803 erzählt von 5 Glocken, die in der Stadt- und Hauptkirche vorhanden waren. 1555 wurde die Turmspitze vollendet. 1557 konnte endlich der Turmknopf aufgesetzt werden. Damit war der äussere Aufbau der Kirche abgeschlossen.
Ihr innerer Ausbau begann 1559 mit der Weiterführung des Gewölbes. Das hat nur ein Jahr gedauert. 1562 erhielt der westliche Teil des Kirchenbaues Fenster. Schon 1574 musste das Dach neu eingedeckt werden. Der Einbau der Emporen wurde 1580 begonnen und 1594 beendet. Die Kirche hatte nun 1768 Sitzplätze, wovon etwa ein Drittel vermietet waren. Mit der farblichen Ausgestaltung im Jahre 1594 wurde der innere Ausbau der Stadt- und Hauptkirche abgeschlossen.
1788 brachte der Augustiner-Mönch Preuss aus Sagan einen Blitzableiter am Turm an.
Anfang der 1840er Jahre war eine umfassende Renovierung der Kirche unumgänglich geworden, da sie mehr als vierzig Jahre vernächlässigt wurde und keinen schönen Anblick mehr darbot. Die ursprünglich weissen Wände waren staubig und schmutzig, die Gemälde unkenntlich, die Pfeifen der Orgel versäuert, die Klaviatur ausgegriffen, die Hölzer wurmstichig und die Fenster teilweise zerbrochen. In diesem Zusammenhang wurde auch der alte Taufstein aus der alten Kirche entfernt.
An der Südseite entstand aus Anlass seines 200. Todestages, auf Anregung des Lehrers und Heimatforschers Dr. Hugo Jentsch, 1877 ein Denkmal für den Gubener Bürgermeister und Poeten Johann Frank.
In der zweiten Jahreshälfte 1896 erhielt die Kirche eine Zentralheizung.
Im Herbst 1921 wurde ein elektrisches Stundenschlagwerk eingebaut, was den Türmer davon befreite, die Glocken per Hand zu läuten.
1925 erhielt die Kirche eine neue elektrische Lichtanlage, die die seit 1884 in Betrieb gewesene Gasbeleuchtung ersetzte.
Im April 1927 wurde die Kriegerehrung für die im ersten Weltkrieg gefallenen Soldaten in der Nische rechts neben dem Altar eingeweiht.
Im Sommer 1939 erhielt die Stadt- und Hauptkirche ein neues Dach mit Dachluken und ein neues Kreuz am Walmpunkt über dem Chor.
Neujahr 1945 fand der letzte Gottesdienst statt.
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